Jabatan Pengairan dan Saliran Sabah diketuai oleh seorang Pengarah (Gred Jusa C) dan dibantu oleh tiga Timbalan Pengarah. Terdapat 10 Bahagian di Ibu Pejabat, Kota Kinabalu seperti berikut:-

1. Bahagian Tebatan Banjir, Sungai dan Pantai (TBSP)
2. Bahagian Pengairan dan Saliran Pertanian (BPSP)
3. Bahagian Perancang (BP)
4. Bahagian Ukur Bahan dan Kontrak (BUBK)
5. Bahagian Perkhidmatan Mekanikal (BPM)
6. Bahagian Saliran Bandar (BSB)
7. Bahagian Pengurusan Sumber Air (PSA)
8. Bahagian Hidrologi dan Ukur (BHU)
9. Bahagian Pentadbiran (BP)
10. Bahagian Akaun (BA)

Jabatan Pengairan dan Saliran Sabah dibahagikan kepada 13 buah daerah pentadbiran, setiap satu diketuai oleh seorang Jurutera Daerah kecuali JPS Daerah Kudat diketuai oleh Pegawai Pengairan dan Saliran (Gred JA38).

1. Kudat
2. Kota Marudu
3. Kota Belud
4. Tuaran
5. Ranau
6. Sandakan
7. Tawau
8. Penampang/Kota Kinabalu
9. Papar
10. Beaufort
11. Tambunan
12. Keningau
13. Tenom